У адпаведнасці з палажэннямі Статута АБФФ акрамя Канферэнцыі, як вышэйшага органа, органы Асацыяцыі падпадзяляюцца на некалькі груп:
кіруючыя органы:
- Выканаўчы камітэт (Выканкам);
- Бюро Выканаўчага камітэта (Бюро Выканкама);
- Старшыня;
дысцыплінарныя і юрысдыкцыйных органы:
- Футбольны арбітраж;
- Апеляцыйны камітэт;
- Камітэт кантрольна-дысцыплінарны і па этычных пытаннях;
- Камітэт па клубнаму ліцэнзаванню;
- Апеляцыйны камітэт па клубнаму ліцэнзаванню;
- Камітэт па статусе і пераходах футбалістаў;
адміністрацыйны орган:
- Адміністрацыя АБФФ;
орган фінансавага кантролю:
- Унутраны орган фінансавага кантролю - кантрольна-рэвізійная камісія.